汉代时是西域三十六国之一的莎车国。三国、北魏时称渠莎，属疏勒。隋、唐、北宋时属于阗，南宋属西辽。元代为察合台后王封地，称作押尔牵、雅尔堪、也里虔、鸦儿看等。明朝时期属东察合台汗国，明史作牙儿干。清称叶尔羌（叶尔羌最早出现在11世纪麻赫穆德·喀什噶里的《突厥语大词典》，据考叶尔羌为突厥语，意为“崖城”，又《西域同文志》释为：“回语，叶尔，谓地；羌，宽广之意。地宽广，故名。”）。乾隆二十六年（1761年）设叶尔羌办事大臣。

    光绪九年（1883年）置莎车直隶州，州治莎车，辖叶城；光绪二十八年（1902年）直隶州升为莎车府，隶喀什噶尔道，辖蒲犁分防厅、巴楚州、叶城县、皮山县。莎车本府即今莎车县前身。民国元年（1912年）莎车本府改为莎车县。1929年莎车县分成莎车、叶尔羌两县，1943年复并。同年增设莎车（第十）督察专区，辖莎车、泽普、叶城、麦盖提等4县。1949年后为莎车专区驻地，仍辖4县。1956年撤莎车专区，归喀什专区。1978年后属喀什地区。

    1999年，莎车县辖7个区公所、7镇、22乡、7个国营农林场：莎车镇、恰热克镇、艾力西湖镇、荒地镇、阿瓦提镇、白什坎特镇、依盖尔其镇、古勒巴格乡、米夏乡、阿热勒乡、恰尔巴格乡、托木吾斯塘乡、英吾斯塘乡、乌达力克乡、阿尔斯兰巴格乡、孜热甫夏提塔吉克族乡、亚克艾日克乡、伊什库力乡、塔尕尔其乡、拍克其乡、阔什艾日克乡、墩巴格乡、喀群乡、霍什拉甫乡、达木斯乡、阿拉买提乡、阿扎提巴格乡、喀拉苏乡、巴格阿瓦提乡。年末总人口613671人，其中民族592563人，城市人口91093人。

     2000年，莎车县辖7个镇、22个乡：莎车镇、恰热克镇、艾里西湖镇、荒地镇、阿瓦提镇、白什坎特镇、依盖尔其镇、古勒巴格乡、阿热勒乡、恰热巴格乡、托木吾斯塘乡、英吾斯塘乡、乌达力克乡、阿热斯兰巴格乡、孜热甫夏提塔吉克族乡、亚喀艾日克乡、喀群乡、藿什拉甫乡、达木斯乡、米夏乡、伊什库力乡、拍克其乡、塔尕尔其乡、阔什艾日克乡、墩巴格乡、阿拉买提乡、阿扎特巴格乡、巴格阿瓦提乡、喀拉苏乡。

    根据第五次人口普查数据：全县总人口620329人，其中各乡镇人口（人）：莎车镇 81390 恰热克镇 24506 艾里西湖镇 29769 荒地镇 27418 阿瓦提镇 21609 白什坎特镇 32827 依盖尔其镇 21377 古勒巴格乡 30824 阿热勒乡 15376 恰热巴格乡 11019 托木吾斯塘乡 25322 英吾斯塘乡 9161 乌达力克乡 26383 阿热斯兰巴格乡 15517 孜热甫普夏提塔吉克乡 7592 亚喀艾日克乡 8864 喀群乡 藿什拉甫乡 14167 达木斯乡 7844 米夏乡 26625 伊什库力乡 24520 拍克其乡 16325 塔尕尔其乡 30737 阔什艾日克乡 14089 墩巴格乡 16562 阿拉买提乡 19359 阿扎特巴格乡 12352 巴格阿瓦提乡 14044 喀拉苏乡 12150 牌楼劳改农场虚拟乡 5862